วัดชนาธิปเฉลิม เดิมชื่อวัดมำบัง ตั้งชื่อตามชื่อหมู่บ้านมำบัง ซึ่งในอดีตหมู่บ้านแห่งนี้เป็นชุมชนขนาดเล็ก ตั้งอยู่บนที่ราบลุ่มริมคลองมำบัง จึงมีชื่อเรียกชุมชนว่า บ้านมำบัง ตามชื่อลำน้ำละแวกบ้านมำบังในอดีต ประชากรส่วนใหญ่เป็นชาวไทยผู้นับถือศาสนาอิสลาม รองลงมาเป็นชาวจีน แต่ก็มีชาวไทยพุทธที่อพยพมาจากต่างเมืองมาตั้งบ้านเรือนปะปนอยู่เป็นชุมชนเล็กๆ สันนิษฐานว่าชาวไทยพุทธกับชาวจีนที่เข้ามาตั้งรกรากอยู่ในหมู่บ้านมำบังร่วมกันสร้างวัดแห่งนี้ขึ้นมาเพื่อใช้เป็นสถานที่ประกอบพิธีทางศาสนามาตั้งแต่
     พ. ศ. ๒๔๒๕ แต่ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้ริเริ่มสร้าง จนกระทั่ง 
     พ. ศ. ๒๔๔๙ เป็นต้นมา ข้อมูลเกี่ยวกับวัดมำบังเด่นชัดขึ้น เมื่อปรากฏนามเจ้าอาวาสที่ได้รับแต่งตั้งองค์แรกคือพระอธิการชู (พ. ศ. ๒๔๔๙ – ๒๔๖๐)

     ในสภาพที่ชุมชนเมืองสตูลยุคก่อนมีชาวไทยพุทธอยู่เป็นส่วนน้อย ศาสนสถานจึงมีขนาดเล็ก ลักษณะเป็นเพียงที่พักสงฆ์เสียเป็นส่วนใหญ่ ดังนั้นในยุคแรกจึงไม่มีหลักฐานที่แน่นอนว่าเป็นวัด ส่วนผู้ปกครองสงฆ์ก็ยังไม่มีการแต่งตั้งอย่างเป็นทางการ ต่อมาที่พักสงฆ์ต่าง ๆ ได้มีการพัฒนาเจริญขึ้น มีลักษณะเป็นวัดที่สมบูรณ์แบบ ซึ่งมีอยู่ในหลายที่ของจังหวัดสตูล เช่น ที่พักสงฆ์บ้านจีนปัจจุบันคือวัดดุลยาราม ตำบลฉลุง อำเภอเมืองสตูล ที่พักสงฆ์ละงู ปัจจุบันคือวัดอาทรรังสฤษฎิ์ อำเภอละงู ที่พักสงฆ์สุไหงอุเป ปัจจุบันคือวัดชมพูนิมิต อำเภอทุ่งหว้า เป็นต้น แต่ที่สร้างขึ้นเป็นแห่งแรกและดูเป็นปึกแผ่นมั่นคงที่สุดในยุคเดียวกัน คือวัดมำบัง ดังนั้นวัดมำบังจึงถือว่าเป็นวัดแห่งแรกของจังหวัดสตูล

     สถานที่ตั้งของวัดมำบังในอดีตแวดล้อมด้วยป่าละเมาะและป่าชายเลน ด้านทิศเหนือและหลังวัดจดคลองมำบังมีดงจากขึ้นหนาแน่น ช่วงน้ำขึ้นน้ำจะท่วมถึงบริเวณวัด จากสภาพที่บริเวณวัตส่วนใหญ่มีน้ำท่วมอยู่เป็นประจำ พื้นที่ที่ทำการพัฒนาได้ในยุคนั้นคงอยู่เฉพาะส่วนหน้าเท่านั้น แต่ก็สามารถสร้างเสนาสนะที่จำเป็น เช่น กุฏิหอฉัน ศาลาบำเพ็ญบุญเพียงพอที่จะใช้สอยกับจำนวนพระสงฆ์และพุทธศาสนิกชนที่มีอยู่

     ถึงช่วง พ. ศ. ๒๔๗๓ ซึ่งเมืองสตูลขณะนั้นขึ้นต่อมณฑลนครศรีธรรมราช (พ. ศ. ๒๔๖๘ – ๒๔๗๕) มีอำมาตย์เอก พระยาสมันตรัฐบุรินทร์ (ตุ๋ย บินอับดุลลาห์) เป็นผู้ว่าราชการเมืองสตูล ได้เร่งรัดพัฒนาเมืองสตูลให้เจริญรุดหน้า ทั้งด้านการปกครอง การศึกษา การส่งเสริมอาชีพ และรายได้ของประชาชน ในส่วนของวัดมำบังก็เป็นช่วงหัวเลี้ยวหัวต่อแห่งการพัฒนาวัดให้เจริญรุ่งเรืองเช่นกันด้วย ขณะนั้นมีพระอธิการชุ่ม ครองตำแหน่งเจ้าอาวาส รูปที่ ๓ (พ. ศ. ๒๔๗๐ – ๒๔๗๓) ต่อมาพระอธิการชุ่มได้ย้ายไปจำพรรษายังวัดหน้าพระลาน จังหวัดนครศรีธรรมราช เป็นเหตุให้พระธรรมวโรดม วัดราชาธิวาส กรุงเทพมหานคร ซึ่งดำรงตำแหน่งเจ้าคณะมณฑลนครศรีธรรมราช และมณฑลภูเก็ต มีคำสั่งให้พระภิกษุแสง และพระภิกษุเปรื่อง จากจังหวัดสงขลามาจำพรรษาที่วัดมำบัง เพื่อสานต่อภารกิจของวัด พระภิกษุแสงได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส (พ. ศ. ๒๔๗๓-๒๔๗๔) ส่วนพระภิกษุเปรื่องเป็นรองเจ้าอาวาส

     พระภิกษุทั้งสองรูปได้เริ่มฟื้นฟูพัฒนาวัดตามความตั้งใจแต่แรกเริ่มที่เดินทางมาเพื่อบุกเบิกนำพระพุทธศาสนาให้ประดิษฐานมั่นคงในแผ่นดินเมืองสตูล ซึ่งเรียกได้ว่าเป็นพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางวัฒนธรรม โดยเฉพาะพระภิกษุเปรื่องได้นำความรู้และประสบการณ์ที่เคยศึกษาด้านการเผยแผ่พระพุทธศาสนาจากวัดประยุรวงศาวาส ฝั่งธนบุรี ซึ่งท่านได้อยู่จำพรรษามาก่อน

     พระภิกษุเปรื่องมีชื่อเสียงด้านการสอนและพระนักเทศน์ที่มีชื่อเสียง มีความรู้ความสามารถ ท่านได้นำความรู้มาใช้ในการพัฒนาวัดมำบัง นับเป็นก้าวแรกของการพัฒนาวัดตามแนวคิดสมัยใหม่ ผลงานแรกหลังจากพระภิกษุทั้งสองรูปเข้ามาบริหารวัดมำบัง คือการขอพระราชทานวิสุงคามสีมา เพื่อให้กุลบุตรในพื้นที่สามารถอุปสมบทได้ โดยวัดมำบังได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ ๕ ธันวาคมพ. ศ. ๒๔๗๓ ก่อนหน้าที่วัดมำบังจะได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมานั้น ไม่เคยมีการอุปสมบทในเขต เมืองสตูลมาก่อน เนื่องจากไม่มีวัดใดในจังหวัดสตูลมีวิสุงคามสีมา ชาวจีนซึ่งนับถือพุทธศาสนามหายานก็ไม่คุ้นเคยประเพณีการบวชแบบไทย ส่วนชาวไทยเมื่อประสงค์จะอุปสมบทก็มักจะเดินทางไปอุปสมบทที่จังหวัดสงขลา ส่วนพระภิกษุที่มีอยู่ในเมืองสตูล ล้วนอุปสมบทมาแล้วและเดินทางมาจากสงขลา พัทลุง นครศรีธรรมราช เป็นต้น ดังนั้นเมื่อวัดมำบังได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาแล้วทางวัดได้สร้างความศรัทธาเลื่อมใสชักจูงกุลบุตรในชุมชนให้มาอุปสมบท โดยนิมนต์พระอุปัชฌาย์จากจังหวัดสงขลามาทำการอุปสมบทให้ ต่อมาเมื่อมีชาวพุทธจากจังหวัดสงขลา พัทลุง และนครศรีธรรมราช ย้ายถิ่นฐานเข้ามาอยู่ในเมืองสตูลมากขึ้น การจัดพิธีอุปสมบทก็มีมากขึ้นเป็นลำดับ

     พ.ศ. ๒๔๗๔ พระอธิการแสง ต้องเดินทางกลับไปดูแลวัดในภูมิลำเนาเดิม ที่จังหวัดนครศรีธรรมราช พระภิกษุเปรื่อง รองเจ้าอาวาสจึงได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสรูปที่ ๕ ของวัดมำบัง (พ. ศ. ๒๔๗๔ – ๒๕๐๓) และในปลายปี พ. ศ. ๒๔๗๙ พระอธิการเปรื่องก็ได้รับแต่งตั้งเป็นพระอุปัชฌาย์ นับเป็นพระอุปัชฌาย์รูปแรกของเมืองสตูล เป็นผลให้วงการพระพุทธศาสนาในเมืองสตูลเข้าสู่ยุคเริ่มต้นของความเจริญรุ่งเรือง

     พระอธิการเปรื่อง ฐิตาโภ ดำเนินงานพัฒนาวัดมำบังให้เป็นศูนย์กลางพระพุทธศาสนาของเมืองสตูล กำหนดแนวทางพัฒนาเสนาสนะ ส่งเสริมให้มีกิจกรรมเพื่อการเผยแผ่พุทธศาสนา การศึกษาพระปริยัติธรรม จนพุทธศาสนาเมืองสตูลเริ่มมีความสำคัญต่อสังคมในสมัยนั้นมากขึ้น นับเป็นช่วงเวลาที่ชาวพุทธเมืองสตูลตื่นตัว มีความสามัคคี เห็นความสำคัญที่จะร่วมแรง ร่วมใจ พัฒนาวัดมำบังให้เจริญก้าวหน้าขึ้นตามลำดับ

     ครั้นถึงพ. ศ. ๒๔๗๕ ประเทศไทยเปลี่ยนแปลงการปกครองสู่ระบอบประชาธิปไตย เมืองสตูลได้เปลี่ยนฐานะเป็นจังหวัดโดยสมบูรณ์ ไม่ต้องขึ้นต่อมณฑลนครศรีธรรมราช อันเป็นผลมาจากพระราชบัญญัติ ว่าด้วยระเบียบราชการบริหารแห่งราชอาณาจักรสยาม พุทธศักราช ๒๔๗๖ ที่ไม่มีราชการบริหารส่วนภูมิภาคเป็นมณฑล แต่ในส่วนคณะสงฆ์ ระยะแรกของการเปลี่ยนแปลงการปกครอง ยังคงปกครองส่วนภูมิภาคในรูปคณะมณฑล วัดในเมืองสตูลยังคงขึ้นต่อคณะมณฑลนครศรีธรรมราช – ภูเก็ตอยู่ตามเดิม

     ในปีเปลี่ยนแปลงการปกครอง อำมาตย์เอก พระยาสมันตรัฐบุรินทร์ (ตุ๋ย บินอับดุลลาห์) ได้ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดสตูล ท่านเป็นกำลังสนับสนุนในการปูพื้นฐานการศาสนาให้รองรับการเปลี่ยนแปลงร่วมกับข้าราชการที่เกี่ยวข้อง ทำให้คณะสงฆ์เมืองสตูลมีความเป็นปึกแผ่นมั่นคงยิ่งขึ้น

     พ. ศ. ๒๔๘๒ ทางราชการเปลี่ยนชื่ออำเภอมำบังเป็นอำเภอเมืองสตูล เพื่อให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวงมหาดไทยที่ประสงค์ให้อำเภอที่ตั้งศาลากลางจังหวัดเป็นอำเภอเมืองเหมือนกันทั่วประเทศ ส่วนตำบลมำบังซึ่งเป็นที่ตั้งของอำเภอเมืองสตูลเปลี่ยนเป็นตำบลพิมาน และจากการเปลี่ยนชื่อจากตำบลมำบังเป็นตำบลพิมาน ทำให้พระธรรมวโรดม (เซ่ง อุตฺตโม) วัดราชาธิวาส กรุงเทพฯ เจ้าคณะมณฑลนครศรีธรรมราชและมณฑลภูเก็ต พิจารณาเปลี่ยนนามจากวัดมำบังเป็นวัดชนาธิปเฉลิม เพื่อให้เป็นไปตามรัฐนิยมในสมัยนั้น

     ในปี พ. ศ. ๒๔๘๒ นอกจากเป็นปีที่วัดมำบังเปลี่ยนชื่อเป็นวัดชนาธิปเฉลิมแล้ว ยังเป็นปีที่การก่อสร้างพระอุโบสถแล้วเสร็จ จากที่ดำเนินการก่อสร้างมาตั้งแต่ พ. ศ. ๒๔๗๓ งานก่อสร้างในยุคนั้นเป็นไปตามสภาพความพร้อม วัดขาดกำลังทรัพย์ และชาวพุทธที่จะช่วยทำนุบำรุงวัดในขณะนั้นมีจำนวนน้อยมาก โดยเฉพาะการปลูกสร้างอาคารขนาดใหญ่ในสมัยนั้นเป็นงานที่ทำได้ยาก วัสดุก่อสร้างขาดแคลน มีราคาแพง การขนส่งวัสดุบากลำบาก เช่น พื้นและฝาพระอุโบสถ เป็นไม้สักที่นำมาจากภาคเหนือโดยทางรถไฟถึงสถานีบ้านควนเนียง จากนั้นก็ลำเลียงมาตามถนนสายสตูล – ควนเนียงที่ยังมีสภาพเป็นถนนดิน การก่อสร้างจึงล้าช้า แต่ด้วยแรงศรัทธาจากประชาชนตลอดจนเหล่าข้าราชการที่เข้ามาปฏิบัติหน้าที่ในเมืองสตูล พร้อมใจกันให้การสนับสนุนทั้งกำลังกายและกำลังทรัพย์อย่างเต็มความสามารถ ทำให้การก่อสร้างพระอุโบสถแล้วเสร็จ แม้จะใช้เวลาก่อสร้างร่วมสิบปี

     พ. ศ. ๒๔๘๔ มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ. ศ. ๒๔๘๔ ซึ่งอนุโลมตามการปกครองของรัฐ คณะสงฆ์จะมีตำแหน่งการปกครองเป็นสมเด็จพระสังฆราช คณะสังฆมนตรีสังฆสภา และแบ่งส่วนงานออกเป็น ๔ องค์การ คือ องค์การปกครอง องค์การศึกษา องค์การเผยแผ่และองค์การสาธารณูปการ ส่วนการบริหารภูมิภาคก็ได้แบ่งเป็นองค์การเช่นเดียวกัน พระครูอรรถการขันตยาภรณ์ (เปรื่อง ฐิตาโภ) เจ้าอาวาสวัดชนาธิปเฉลิมรูปที่ ๕ ขณะนั้นดำรงตำแหน่งเจ้าคณะเมืองสตูล จึงได้เป็นผู้จัดการบริหารคณะสงฆ์ของเมืองสตูลให้เป็นไปตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ. ศ. ๒๔๘๔ ฉบับนี้ โดยแต่งตั้งพระสังฆาธิการดำรงตำแหน่ง ดังนี้

     ๑. พระครูอรรถการขันตยาภรณ์ (เปรื่อง ฐิตาโภ) เป็นองค์การปกครองจังหวัด 
     ๒. พระครูศิริขันตยาภรณ์ เจ้าอาวาสวัดดุลยาราม เป็นศึกษาจังหวัด 
     ๓. พระปลัดศิลป์ ภูริปญโญ (ต่อมาคือ พระครูภูริโศภน เจ้าอาวาสวัดชนาธิปเฉลิมรูปที่ ๖) เป็นเผยแผ่จังหวัด
     ๔. พระมหาอัมพร ปณฺฑิโต (ต่อมาคือพระครูบัณฑิตานุวัตร เจ้าอาวาสวัดสตูลสันตยาราม) เป็นสาธารณูปการจังหวัด

     พ. ศ. ๒๔๘๙ คณะสงฆ์อำเภอเมืองสตูลได้รับการยกขึ้นเป็นคณะสงฆ์จังหวัด พระครูอรรถการขันตยาภรณ์ (เปรื่อง ฐิตาโภ) ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าคณะจังหวัดสตูล นับเป็นเจ้าคณะจังหวัดรูปแรกของเมืองสตูล เมื่อคณะสงฆ์เมืองสตูลได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นจังหวัดแล้ว เจ้าคณะจังหวัดจึงดำเนินการขอเปิดสนามสอบนักธรรมขึ้นในจังหวัด และได้รับอนุญาตให้วัดชนาธิปเฉลิมเป็นสนามสอบนักธรรมของพระภิกษุ สามเณร เมื่อพ.ศ. ๒๔๙๐ โดยพระภิกษุสามเณรไม่ต้องเดินทางไปสอบถึงจังหวัดสงขลาให้ยากลำบากอีกต่อไป

     นับตั้งแต่พ.ศ. ๒๔๗๕ เป็นต้นมา ภายใต้ความผันแปรทางสังคม การเมือง แต่วัดชนาธิปเฉลิมก็มีการพัฒนาเจริญก้าวหน้าเป็นลำดับ มีการก่อสร้างเสนาสนะ ถาวรวัตถุต่าง ๆ รวมทั้งเป็นแหล่งอุปถัมภ์ เป็นที่พึ่งพิงของเหล่าข้าราชการ และประชาชนชาวพุทธที่อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานทำงานในจังหวัดสตูล วัดชนาธิปเฉลิมจึงเป็นวัดเก่าแก่ที่เป็นศูนย์กลางบริหารการศาสนาของจังหวัดสตูลมาตั้งแต่อดีตจนปัจจุบัน ด้วยคุณสมบัติดังนี้ จึงได้รับพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ยกฐานะขึ้นเป็นพระอารามหลวง เมื่อวันที่ ๑๑ ตุลาคม พ. ศ. ๒๕๓๔

• พ.ศ. ๒๕๕๘ – ๒๕๕๙ ศูนย์ศึกษาพระพุทธศาสนาวันอาทิตย์วัดชนาธิปเฉลิม รางวัลศูนย์ศึกษาวัน อาทิตย์ต้นแบบจากกระทรวงวัฒนธรรม
• พ.ศ. ๒๕๖๐ วัดชนาธิปเฉลิม พระอารามหลวง รางวัลวัฒนคุณาธร จากกระทรวงวัฒนธรรม
• พ.ศ. ๒๕๖๐ วัดชนาธิปเฉลิม พระอารามหลวง ได้รับประกาศเป็นวัดต้นแบบด้านกายภาพจากศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้
• พ.ศ. ๒๕๖๑ โล่รางวัล จัดการสิ่งแวดล้อมภายในวัด ระดับดีเยี่ยม จากกรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม
• พ.ศ. ๒๕๖๒ วัดชนาธิปเฉลิม พระอารามหลวง โล่รางวัลศูนย์เรียนรู้ระบบสุขภาพตามวิถีชุมชนต้นแบบ ระดับเขต จากจากสำนักงานเขตสุขภาพที่ ๑๒
• พ.ศ. ๒๕๖๑ โล่รางวัลเชิดชูเกียรติ จากศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้
• พ.ศ. ๒๕๖๑ โล่รางวัล วัดส่งเสริมสุขภาพดีเด่น ระดับเขตสุขภาพ จากกรมอานามัย