อุปสมบท เมื่อวันที่ ๓๐ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๗๓ ณ พัทธสีมาวัดนาอุดม โดยมี พระอธิการพรหมมา จารุวณฺโณ วัดระเว ตำบลระเว อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอาจารย์ดี เป็นพระกรรมวาจาจารย์ และ พระอาจารย์บัว เป็นพระอนุสาวนาจารย์ ได้รับฉายาทางมคธภาษาว่า “ ฉนฺทโร ” แปลว่า “ ผู้ทรงไว้ซึ่งความพอใจ ”

     ภายหลังอุปสมบท ท่านอยู่พำนักและศึกษาเล่าเรียนธรรมะ ฝึกฝนสวดมนต์และปาติโมกข์ในสำนักวัดนาอุดมเป็นเวลา ๓ ปี จากนั้นจึงย้ายไปศึกษาเพิ่มเติมที่วัดบ้านคำหว้า ตำบลคำหว้า อำเภอตาลสุม จังหวัดอุบลราชธานี เป็นเวลาประมาณ ๓ เดือน ถึง พ.ศ.๒๔๗๘ ท่านจึงย้ายไปศึกษาต่อที่วัดสำโรงใหญ่ ตำบลสำโรง อำเภอตาลสุม จังหวัดอุบลราชธานี ขณะนั้นพระอาจารย์หม่อนซึ่งมีศักดิ์เป็นลุงดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาส

     หลวงปู่สวนเล่าว่าพระอาจารย์หม่อนเคร่งครัดระเบียบวินัยมาก ผู้ที่จะมาศึกษาเล่าเรียนที่สำนักแห่งนี้จะต้องมีความขยันหมั่นเพียร และต้องมีความขยันอดทนเป็นอันมาก มีอยู่วันหนึ่งพระอาจารย์หม่อนเรียกเข้าไปหา และบอกว่าจะสอนกัมมัฏฐานให้ ได้พาหลวงปู่สวนไปฝึกในป่าช้า โดยการกำหนดลมหายใจเข้าออก เมื่อฝึกปฏิบัติจนเป็นที่พอใจแล้วท่านก็ให้กลับไปฝึกปฏิบัติเอง ถ้าหากติดขัดประการใดก็ให้มาถาม นอกจากวิชากัมมัฏฐานแล้ว พระอาจารย์หม่อนยังได้สอนวิทยาคมต่างๆ ให้อีกด้วย นอกจากนี้ ท่านศึกษาเรียนรู้วิธีการเขียนการอ่านอักษรขอม เขมร และอักษรธรรมอีสาน จนเกิดความชำนิชำนาญ สามารถอ่านออกเขียนได้จนคล่องแคล่ว

     ต่อมาท่านเดินทางไปฝากตัวเป็นลูกศิษย์ญาท่านกรรมฐานแพง จนฺทสาโร วัดสิงหาญ ตำบลสะพือ อำเภอตระการพืชผล จังหวัดอุบลราชธานี เพื่อเรียนรู้การปลุกเสกวัตถุมงคล นอกจากนี้ยังได้เรียนวิชาการลงตะกรุดต่างๆ และวัตถุมงคลอื่นๆ ที่ญาท่านกรรมฐานแพงได้รับการถ่ายทอดจากท่านสำเร็จลุน โดยญาท่านกรรมฐานแพงกล่าวว่าผู้ที่จะมาเรียนวิชาในสายนี้จะต้องตั้งสัจจะ คือเมื่อเรียนเสร็จแล้วจะต้องบวชไม่สึก

     กาลเวลาผ่านไปนาน กระทั่ง พ.ศ. ๒๕๓๔ ท่านกลับไปวัดนาอุดม ทำให้เกิดความสังเวชใจที่เห็นสภาพวัดที่ทรุดโทรมเกือบจะเป็นวัดร้าง ท่านจึงตัดสินใจกลับมาจำพรรษาเพื่อต้องการฟื้นฟูวัดนาอุดมขึ้นใหม่

     ญาท่านสวน ฉนฺทโร เป็นพระสงฆ์ที่เปี่ยมล้นไปด้วยพลังแห่งความเมตตา ออกโปรดญาติโยมและศิษยานุศิษย์ทั้งหลายโดยไม่รู้จักคำว่าเหน็ดเหนื่อย ท้อถอย ถึงแม้จะได้รับคำทัดทานจากลูกศิษย์ลูกหาว่า ขอเห็นหลวงปู่พักผ่อนดูแลสุขภาพของท่านเองบ้าง ท่านก็ได้แต่ยิ้มถึงแม้ท่านจะเจ็บป่วยท่านก็ไม่เคยแสดงให้ผู้อื่นที่มากราบท่านทราบ ท่านก็ยังคงสงเคราะห์ญาติโยมต่อไปไม่หยุดหย่อน จนลูกศิษย์เขียนป้ายห้ามรบกวนท่าน เพื่อต้องการให้ท่านพักผ่อนบ้าง เมื่อท่านเห็นท่านก็จะให้เอาออกทันที ท่านได้บอกกับลูกศิษย์ว่า บางคนเขาเดินทางมาไกล อาจจะมีเรื่องเดือดร้อนให้เราช่วยเหลือ หรือเขาอาจจะต้องรีบกลับเพราะเขาอยู่ไกล ส่วนเราอยู่ที่นี่จะพักผ่อนเมื่อไรก็ได้