เมื่อมีวัยสมควรแก่การศึกษาได้เข้ามาศึกษาอักษรสมัยในสำนักวัดสามจีน (วัดไตรมิตรวิทยาราม)

     ต่อมาได้บรรพชาเป็นสามเณร ศึกษาภาษาบาลีเบื้องต้นจากพระธรรมสังวร ต่อมาได้ศึกษากับพระธรรมไตรโลกาจารย์ (อู่) วัดสัมพันธวงศ์

     อุปสมบทเมื่อปีเถาะ ตรีศก จุลศักราช ๑๑๙๓ พ.ศ. ๒๓๗๔ ณ พัทธสีมา วัดเกาะแก้วลังการาม โดยมี พระธรรมไตรโลกาจารย์ (อู่) เป็นพระอุปัชฌาย์

     อุปสมบทแล้วเข้าสอบบาลีที่วัดพระเชตุพน เป็นเปรียญ ๔ ประโยค ได้รับพระราชทานพัดยศเปรียญพื้นแพรน้ำเงินลายทอง มีนิตยภัต (เข้าใจว่าเดือนละตำลึงกึ่ง)

     เมื่อทรงพระกรุณาโปรดให้ย้ายพระธรรมไตรโลกาจารย์ ไปเป็นเจ้าอาวาสวัดสุทัศน์ ฯ ท่านย้ายตามพระอุปัชฌาย์ไปอยู่ที่วัดสุทัศน์ ฯ ด้วย เมื่อพระธรรมไตรโลกาจารย์ เลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระพิมลธรรม ท่านได้รับแต่งตั้งให้เป็นพระครูคู่สวดฐานานุกรมตำแหน่งพระคู่สวดที่ พระครูไกรสรวิลาส

     ต่อมา พระครูไกรสรวิลาส (คง) เจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศ์ เกิดความพอใจในการปฏิบัติธรรมวินัยฝ่ายธรรมยุติ จึงทูลขอพระบรมราชานุญาตจากพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทำญัตติกรรมเป็นพระภิกษุฝ่ายธรรมยุติกนิกาย พร้อมด้วยสหธรรมิกที่ร่วมใจใคร่จะปฏิบัติตาม รวม ๑๒ รูป มีพระบรมราชโองการโปรดให้พระอมราภิรักขิต (เกิด) วัดบรมนิวาส เป็นผู้จัดการ เมื่อพุทธศักราช ๒๓๙๘ การทำญัตติกรรมครั้งนี้ ไปทำที่วัดบรมนิวาส มี พระกัสสโป พระราชาคณะรามัญนิกาย เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอมราภิรักขิต (เกิด) เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระมหาบุญ เปรียญ ๓ ประโยค วัดบรมนิวาสเป็นพระอนุสาวนาจารย์ เมื่อญัตติกรรมเป็นธรรมยุตเรียบร้อยแล้ว ท่านกลับมาอยู่วัดสัมพันธวงศ์ตามปกติ ส่วนภิกษุที่ไม่ยินดีที่จะทำการญัตติกรรมร่วมกับท่าน ต่างพากันแยกย้ายไปอยู่วัดปทุมคงคาบ้าง วัดสามจีนบ้าง ลาสิกขาเสียบ้าง คงเหลืออยู่แต่ที่คณะของท่าน ภิกษุสามเณรวัดสัมพันธวงศ์ หรือวัดเกาะ จึงเป็นพระเณรในสังกัด ธรรมยุติกาสืบมาแต่ครั้งนั้น

     พระครูไกรสรวิลาส (คง) เป็นผู้มีศีลาจารวัตรสงบเรียบร้อย เคร่งครัดปฏิบัติธรรมวินัย เป็นเหตุนำความเลื่อมใสแก่ผู้ได้พบเห็น ในส่วนการบำเพ็ญปรัตถประโยชน์ตามสติกำลังความสามารถเท่าที่ท่านจะทำได้ เพราะอัธยาศัยส่วนตัวเป็นพระสมถะมักน้อย พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงพระกรุณาโปรดให้เลื่อนสมณศักดิ์พระครูไกสรวิลาส (คง) ขึ้นเป็นพระราชคณะมีราชทินนามว่า "พระเนกขัมมมุนี"

     เป็นที่น่าเสียดายว่าการประพฤติพรหมจรรย์ของท่านไปไม่ได้ตลอด เพราะท่านมาปรารภถึงโรคาพาธ ซึ่งมาเบียดเบียนทำร่างกายของท่านให้ทุพพลภาพ ไม่สะดวกในการจะดำรงพรหมจรรย์ให้ยั่งยืนต่อไปได้ จึงขอพระราชทานพระบรมราชานุญาต ลาสิกขา เมื่ออายุได้ ๕๙ ปี (ปีมะเส็ง เอกศก จุลศักราช ๑๒๑๓ พ.ศ. ๒๔๑๒) นับแต่ญัตติเป็นธรรมยุตมาได้ ๑๕ ปี