บรรพชา เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๕๖ เมื่ออายุ ๑๓ ปี ณ วัดมุธรวราราม โดยมี พระครูวิบูลย์ธรรมสาร (เพชร วชิโร) เจ้าคณะอำเภอเกาะสมุย รูปที่ ๒ เจ้าอาวาสวัดอัมพวัน เป็นพระอุปัชฌาย์

     ​บวชแล้วสามเณรจันทร์ก็ติดตามไปอยู่รับใช้และเล่าเรียนอักขระวิธี กรรมฐานวิปัสสนา กับหลวงพ่อเพชร ที่วัดเขาน้อย การได้ศึกษาฝึกฝนกับหลวงพ่อเพชรซึ่งเป็นพระที่เคร่งครัดเชี่ยวชาญชำนาญการ สอนวิปัสสนากรรมฐาน นับเป็นโอกาสอันดียิ่งที่เสมือนเป็นการช่วยสร้างพื้นฐานอันแน่นหนาในเรื่อง เอกัคตาจิต ให้ท่านตั้งแต่วัยเยาว์ รวมตลอดทั้งเคล็ดวิธีอุปเท่ห์ในทางเวทวิทยาคมบางประการด้วย เมื่อมีพื้นฐานที่แน่นหนา มั่นคง เหมาะสม ก็ย่อมเป็นเหตุปัจจัยให้เติบโต เจริญก้าวหน้าได้ดียิ่งในอนาคต

     สามเณรจันทร์ได้อยู่ศึกษาปฏิบัติ ปลูกสร้างพื้นฐานกับหลวงพ่อเพชร สุดยอดพระเถราจารย์ของเกาะพะงันเป็นเวลากว่า ๒ พรรษาแล้วก็ลาสิกขาออกไปเผชิญโลกต่อไป

     อุปสมบท ท่านได้บวชเป็นพระภิกษุ ตามประเพณีของลูกผู้ชายชาวไทย ณ วัดใหม่ (วัดศรีทวีป) ปี พ.ศ. ๒๔๖๘ โดยมี พระครูทีปาจารคุณารักษ์ (รักษ์ อินฺทสุวณฺโณ) เจ้าอาวาสวัดใหม่ (ศรีทวีป) เจ้าคณะอำเภอเกาะสมุยรูปที่ ๓ เป็นพระอุปัชฌาย์ บวชอยู่ ๒ - ๓ พรรษาก็สละเพศบรรพชิต ลาสิกขา แล้วท่านก็มีครอบครัว ภรรยาของท่านชื่อ นางหีดนุ้ย เป็นชาวบ้านใต้ เกาะพะงัน มีบุตรธิดาด้วยกัน ๒ คนคือ ครอบครัวของท่านตั้งอยู่ที่ บ้านบ่อผุด เกาะสมุย หลังจากภรรยาของท่านถึงแก่กรรม ท่านก็เกิดเบื่อหน่ายฆราวาสวิสัย ตระหนักในไตรลักษณ์ที่ว่า

     “สรรพสิ่งล้วน เปลี่ยนแปร ไม่แท้เที่ยง
     ทุกสิ่งเพียง ของสมมุติ อย่ายึดมั่น
     มิใช่ตัว ใช่ตนจริง ทุกสิ่งนั้น
     ล้วนแปลงผัน ล้วนทุกข์ท้น มิทนทาน”

     ประมาณ พ.ศ. ๒๔๘๙ ท่านได้เข้าสู่ร่มกาสาวพัสตร์อีกครั้งหนึ่งด้วยเจตจำนงแน่วแน่ที่จะยึดถือ เป็นตัวตาย ตั้งใจที่จะให้ได้มีผ้าเหลืองห่อหุ้มศพ เป็นการบวชตลอดชีวิตที่จะไม่ลาสิกขาออกมาอีก ครั้งนี้หลวงพ่อจันทร์

     อุปสมบทที่วัดสำเร็จ ปี พ.ศ.๒๔๘๙ โดยมี พระครูทีปาจารคุณารักษ์ (มี อินทสุวณฺโณ) เจ้าอาวาสวัดสำเร็จ เจ้าคณะอำเภอเกาะสมุย รูปที่ ๔ เป็นพระอุปัชฌาย์ พระครูประยุตธรรมโสภิต (ทองไหล สิริวฑฒโณ) เจ้าอาวาสวัดละไม เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระครูพิทักษ์ทีปาจารย์ (นาค มุนินาโค) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสำเร็จ เป็นพระอนุสาวนาจารย์ เมื่ออุปสมบทแล้ว มีฉายาว่า “ขนฺติโก”

     ​หลังจากหลวงพ่อจันทร์บวชแล้ว ได้จำพรรษาอยู่ที่วัดภูเขาทอง ต่อมาจึงย้ายมาอยู่ที่วัดบ่อผุด ๖ พรรษา ต่อมาได้ย้ายมาจำพรรษากับพระใบฎีกากล่อม ที่วัดสมัยคงคา อยู่ ๑ เดือน ต่อมาชาวบ้านโฉลกหลำ ได้มานิมนต์ให้ไปอยู่ปฎิบัติธรรมที่บ้านโฉลกหลำ สถานที่ที่ท่านพำนักเป็นเพียงที่พักสงฆ์ เรียกว่า ที่พักสงฆ์เจริญสุข ซึ่งมีเพียงศาลาหลังเล็กๆ สำหรับที่พระภิกษุพักอาศัย ครั้นประมาณต้นพุทธศตวรรษที่ ๒๕ บ้านโฉลกหลำ ได้กลายเป็นท่าเรือประมง ที่บรรดาเรือประมงซึ่งจับปลาอยู่บริเวณใกล้เคียงมักมาขายส่งปลาให้แก่เรือ รับซื้อที่เรียกว่า เรือห้องเย็น รวมทั้งอาศัยเป็นที่กำบังลมพักผ่อนและเติมเสบียงในช่วงฤดูที่มิใช่หน้าลม ว่าว ครั้นถึงยามฤดูลมว่าวประมาณระหว่างเดือน (จันทรคติ) ๑๒ ถึงเดือน ๒ อ่าวโฉลกหลำเป็นจุดรับลมว่าว ภายในอ่าวมีคลื่นลมแรง เหล่าเรือประมงจะต้องใช้อ่าวแห่งอื่น เช่น อ่าวน้ำตกธารเสด็จ เป็นท่าเรือ ด้วยความเป็นท่าเรือดังกล่าว ทำให้โฉลกหลำเป็นแหล่งที่มีเงินสะพัด เป็นแหล่งงาน เป็นที่แสวงโชค เป็นแหล่งธุรกิจที่สำคัญของเกาะพะงันในขณะนั้น ก่อนที่เกาะพะงันกลายเป็นแหล่งที่ท่องเที่ยวในปัจจุบันนี้

     เมื่อหลวงพ่อจันทร์ มาพำนักอยู่ยังที่พักสงฆ์เจริญสุขแล้ว ท่านได้ก่อสร้างเสนาสนะต่างๆ รวมทั้งอุโบสถ กระทั่งทำที่พักสงฆ์ได้กลายเป็นวัดตามกฎหมาย โดยมีประกาศตั้งวัดเมื่อ วันที่ ๑๔ กันยายน พ.ศ. ๒๕๑๙ เรียกว่า สำนักสงฆ์โฉลกหลำ เมื่อได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา ในวันที่ ๒๓ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๒๐

     จึงเป็นสภาพเป็นวัดโดยบริบูรณ์ และใช้ชื่อว่า ”วัด” ได้ตามกฎหมายแล้วทางวัดก็ได้จัดงานผูกพัทธสีมาในปี พ.ศ. ๒๕๒๒ หลวงพ่อจันทร์ ขันติโก จึงเป็นพลังสำคัญในการสร้างวัดและดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสรูปแรกของวัดโฉลกหลำ