เมื่ออายุประมาณ ๑๓ – ๑๔ ปี (ประมาณ พ.ศ. ๒๔๐๓ – ๒๔๐๔) โยมบิดาได้พาไปฝากให้เรียนอักขระวิธี ก ข นโม กับ ท่านอุปัชฌาย์จันทร์ เจ้าอธิการวัดมะเดื่อหวาน (แต่ในรายงานมณฑลชุมพร ร.ศ. ๑๑๙ ของ พระศาสนดิลก เรียกว่า วัดภูเขาแก้ว) อยู่ศึกษาเล่าเรียนกระทั่งอายุ ๑๗-๑๘ ปี (ประมาณ พ.ศ. ๒๔๐๗-๒๔๐๘) ก็ได้บรรพชาเป็นสามเณรที่ วัดมะเดื่อหวาน โดยมี พ่อท่านจันทร์ เป็นพระอุปัชฌาย์ หลังจากบรรพชาเป็นสามเณรแล้วท่านก็ครองเพศบรรพชิตเรื่อยมา จนอายุครบเกณฑ์อุปสมบท

     อุปสมบท เมื่ออายุ ๒๑ ปี พ.ศ. ๒๔๑๐ ณ พัทธสีมา วัดมธุระวราราม (วัดมะเดื่อหวาน) โดยมี พระอธิการจันทร์ เจ้าอาวาสวัดมธุรวราราม เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอธิการขวัญ เจ้าอาวาสวัดโพธิ์ ​เป็นพระกรรมวาจาจารย์ เมื่ออุปสมบทแล้วพระอุปัชฌาย์ให้นามฉายาว่า วชิโร

     การศึกษาเมื่ออุปสมบทแล้วได้ศึกษาบาลีจากหมื่นศักดิ์ ที่บ้านโฉลก บ้านเก่า (หมื่นศักดิ์ผู้นี้เป็นผู้รู้ภาษาบาลีมาจากกรุงเก่า) ศึกษาอยู่จนสิ้นความรู้อาจารย์แล้ว ได้ไปศึกษาพระปาฏิโมกข์ ทั้งบาลีและแปลจากท่านขรัวช่วย กิ่งท่าฉางอำเภอเมืองไชยา เมื่อศึกษาพระปาฏิโมกข์ จบแล้ว ได้ไปศึกษาบาลีจากท่านพระครูกาแก้ว (ทองอยู่) วัดเหนือ อำเภอเมืองไชยาศึกษาอยู่ ๕ ปี จากนั้นได้ไปอยู่วัดมหาธาตุ ฯ ศึกษาบาลีต่อ แต่ระหว่างนั้นหูของท่านตึงมากขึ้น ครูสอนไม่ค่อยได้ยิน จึงได้หันเข้าศึกษาพระวินัยอยู่ ๑ ปีเศษ ต่อมาได้ร่วมออกเดินทางธุดงค์ไปยังประเทศพม่า อินเดีย ศรีลังกา ร่วมกับ สหธรรมมิกอีก ๒ รูป คือ พระหนู ติสฺโส (ต่อมาพระชยาภิวัฒน์ พระสังฆปาโมกเจ้าคณะใหญ่เมืองไชยา)) พระเพชร ติสฺโส (ต่อมาคือพระครูวิบูลย์ธรรมสาร เจ้าคณะแขวงเกาะสมุย รูปแรก เมื่อกลับมาจากธุดงค์แล้ว ก็พำนักอยู่ที่วัดโพธิ์ (วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม) กรุงเทพมหานคร ต่อมาท่านได้รับอาธนานิมนต์จากชาวเกาะพงันให้มาดูแลวัดอัมพวัน