พระประวัติในตอนต้นไม่ปรากฏรายละเอียด พบแต่เพียงว่า เดิมเป็นพระอาจารย์ศรีอยู่วัดพนัญเชิง เมื่อครั้งเสียกรุงศรีอยุธยาในปี พ.ศ. ๒๓๑๐ ได้หนีภัยสงครามไปอยู่ที่เมืองนครศรีธรรมราช ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๓๑๒ สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จไปตีเมืองนครศรีธรรมราช ได้อาราธนาพระองค์ให้มาอยู่ที่วัดบางว้าใหญ่ (วัดระฆังโฆสิตาราม) และทรงสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราช นับเป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่ ๒ แห่งกรุงธนบุรี

     เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชขึ้นครองราชย์ ณ กรุงรัตนโกสินทร์ เมื่อปี พ.ศ. ๒๓๒๕ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้คงที่สมณฐานันดรศักดิ์ดังเดิม และไปครองพระอารามตามเดิมด้วย ทรงเห็นว่าเป็นผู้มีความสัตย์ซื่อมั่นคง ดำรงรักษาพระพุทธศาสนาโดยแท้ มิได้อาลัยแก่ร่างกายและชีวิต ควรแก่นับถือเคารพสักการบูชา

     พระองค์ทรงเป็นกำลังสำคัญในการชำระและฟื้นฟูพระพุทธศาสนา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้า ฯ ทั้งในด้านความประพฤติปฏิบัติของภิกษุสามเณร การบูรณปฏิสังขรณ์พุทธสถาน การชำระตรวจสอบพระไตรปิฎก ตลอดจนการประพฤติปฏิบัติของพุทธศาสนิกชนโดยทั่วไป

     ครั้นถึง พ.ศ. ๒๓๒๔ อันเป็นปีสุดท้ายแห่งรัชกาลสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี สมเด็จพระสังฆราช (ศรี) ได้ถูกถอดจากตำแหน่งเนื่องจากได้ถวายวิสัชนาร่วมกับ พระพุฒาจารย์ วัดบางหว้าน้อย (วัดอมรินทราราม) และพระพิมลธรรม วัดโพธาราม (วัดพระเชตุพนหรือวัดโพธิ์) เรื่องพระสงฆ์ปุถุชนไม่ควรไหว้คฤหัสถ์ที่เป็นอริยบุคคล เนื่องจากคฤหัสถ์เป็นหินเพศต่ำ พระสงฆ์เป็นอุดมเพศที่สูง เพราะทรงผ้ากาสาวพัสตร์และพระจาตุปาริสุทธิศีลอันประเสริฐ ดังความว่า

     “ถึงมาตรว่าคฤหัสถ์เป็นพระโสดาก็ดี แต่เป็นหินเพศต่ำ อันพระสงฆ์ถึงเป็นปุถุชน ก็ตั้งอยู่ในอุดมเพศอันสูง เหตุทรงผ้ากาสาวพัสตร์ และพระจตุปาริสุทธิศีลอันประเสริฐ ซึ่งจะไหว้นบคฤหัสถ์ อันเป็นพระโสดานั้นก็บ่มิควร”

     ข้อวิสัชนาดังกล่าวนี้ไม่ต้องพระทัยสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี พระองค์จึงให้ถอดเสียจากตำแหน่งพระสังฆราช ลงมาเป็นพระอนุจร (พระธรรมดา) แล้วทรงตั้งพระโพธิวงศ์ เป็นสมเด็จพระสังฆราช และตั้งพระพุทธโฆษาจารย์ เป็นพระวันรัต

     ครั้นเมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงปราบดาภิเษกและสถาปนากรุงรัตนโกสินทร์ขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๓๒๕ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้คืนสมณฐานันดรศักดิ์และตำแหน่งดังเดิม ให้แก่ สมเด็จพระอริยวงษญาณ สมเด็จพระสังฆราช (ศรี)

     งานสังคายนาพระไตรปิฎกในครั้งนี้ นับเป็นการสังคายนาพระไตรปิฎกครั้งแรกของกรุงรัตนโกสินทร์ และเป็นการสังคายนาพระไตรปิฎกครั้งที่ ๒ ของราชอาณาจักรไทย กระทำเมื่อปี พ.ศ. ๒๓๓๑ โดยนำพระไตรปิฎก ที่รวบรวมบรรดาพระไตรปิฎกฉบับที่เป็นอักษรลาว อักษรรามัญ ตรวจชำระแล้วแปลงเป็นอักษรขอม จารึกลงลานประดิษฐานไว้ ณ หอพระมณเทียรธรรม และสร้างคัมภีร์พระไตรปิฎกถวายพระสงฆ์ ไว้ศึกษาทุกพระอารามหลวง เมื่อตอนต้นรัชกาล มาตรวจชำระ โดยอาราธนาสมเด็จพระสังฆราช พระราชาคณะให้ดำเนินการ สมเด็จพระสังฆราชได้เลือกพระราชาคณะฐานานุกรม เปรียญอันดับที่เล่าเรียนพระไตรปิฎกได้พระสงฆ์ ๒๑๘ รูป กับราชบัณฑิตยาจารย์ ๓๒ คน ทำการสังคายนาที่วัดนิพพานาราม แบ่งพระสงฆ์ออกเป็น ๔ กอง ดังนี้

• สมเด็จพระสังฆราช เป็นแม่กองชำระพระสุตตันปิฎก
• พระวันรัต เป็นแม่กองชำระพระวินัยปิฎก
• พระพิมลธรรม* เป็นแม่กองชำระพระสัททาวิเศส
• พระธรรมไตรโลก*เป็นแม่กองชำระพระปรมัตถปิฎก

     การชำระพระไตรปิฎกครั้งนี้ใช้เวลา ๕ เดือน ได้จารึกพระไตรปิฎกลงลานใหญ่ แล้วปิดทองทึบ ทั้งปกหน้าปกหลัง และกรอบ เรียกว่า ฉบับทอง ทำการสมโภช แล้วอัญเชิญเข้าประดิษฐานในตู้ประดับมุก ตั้งไว้ในหอพระมณเทียรธรรม กลางสระในวัดพระศรีรัตนศาสดาราม