เมื่อโตขึ้น ท่านเรียนหนังสือกับมารดา จนกระทั่งมารดาเสียชีวิตขณะท่านอายุได้ ๑๑ ปี บิดาส่งท่านขึ้นเรือให้ไปเรียนที่ประเทศจีน แต่ท่านกระโดดหนีลงจากเรือแล้วไปอยู่กับน้าชายชื่อสิงห์โต

     ปีต่อมาบิดามารับท่านไปเรียนภาษาจีนที่ศาลเจ้าข้างวัดราชผาติการาม วรวิหาร พออายุได้ ๑๔ ปี บิดาให้ทำงานเป็นเสมียนกับพระเสนางควิจารณ์ (ยิ้ม) เมื่อายุได้ ๑๕ ปี น้าที่เคยอุปการะท่านได้พาท่านไปเรียนกับพระครูเขมาภิมุข (อิ่ม) ที่วัดเขมาภิรตารามราชวรวิหาร ต่อมาย้ายไปศึกษากับพระอริยกระวี (ทิง) สมัยยังเป็นพระครูปลัด ฐานานุกรมในพระพรหมมุนี (ทับ พุทฺธสิริ)

     ปีเถาะ พ.ศ. ๒๔๑๐ ได้บรรพชาเป็นสามเณร และเข้าสอบพระปริยัติธรรมที่พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาทเมื่อปีมะเมีย พ.ศ. ๒๔๑๓ ได้เปรียญธรรม ๓ ประโยค ถึงปีวอก พ.ศ. ๒๔๑๕ ได้อุปสมบทที่วัดโสมนัสวิหาร โดยมี พระพรหมมุนี (ทับ พุทฺธสิริ) เป็นพระอุปัชฌาย์ ศึกษาต่อแล้วเข้าสอบในปีชวด พ.ศ. ๒๔๑๙ ที่พระที่นั่งสุทไธสวรรย์ได้อีก ๒ ประโยคเป็นเปรียญธรรม ๕ ประโยค และเข้าสอบครั้งสุดท้ายในปีมะเมีย พ.ศ. ๒๔๒๕ ที่พระที่นั่งสุทไธสวรรย์ได้อีก ๓ ประโยคเป็นเปรียญธรรม ๘ ประโยค

     เมื่อตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดเทพศิรินทราวาสว่างลง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระราชประสงค์จะเลือกพระมหาเปรียญจากวัดโสมนัสวิหารมาเป็นเจ้าอาวาส ซึ่งขณะนั้นมีพระมหาเดช ฐานจาโร กับพระมหายัง เขมาภิรโต ได้ทูลปรึกษาสมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ สมเด็จพระสังฆราช (สา ปุสฺสเทโว) ทราบว่าพระมหายังเชี่ยวชาญเทศนาจึงเป็นที่นิยมของคฤหัสถ์ แต่พระมหาเดชเป็นที่รักใคร่นับถือของเพื่อนบรรพชิตมากกว่า ที่สุดทรงตัดสินพระทัยตั้งพระมหาเดชเป็นพระราชาคณะไปครองวัดเทพศิรินทราวาสตั้งแต่วันที่ ๓๐ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๒๗ พระมหายังจึงอยู่วัดโสมนัสวิหารต่อมา จนได้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดโสมนัสวิหารตั้งแต่วันที่ ๒๖ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๔๔๕ ตราบจนมรณภาพ ในสมัยของท่านวัดโสมนัสวิหารเจริญรุ่งเรืองมากเพราะท่านเชี่ยวชาญในการแสดงธรรมและการปฏิสังขรณ์

     ท่านเห็นชอบให้พระยาศรีภูริปรีชา (กมล สาลักษณ) สร้างอาคารเรียนขึ้นในวัดเพื่ออุทิศแก่คุณหญิงพึ่ง อาคารนี้ได้รับพระราชทานนามว่า "สาลักษณาลัย" ทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ ๒๒ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๖๐ และมอบให้กระทรวงศึกษาธิการใช้เป็นสถานศึกษาตั้งแต่วันนั้น