ในวัยเด็ก โยมพ่อโยมแม่ของท่านได้นำท่านมาฝากมาเรียนหนังสือที่สำนักหลวงปู่รอด อดีตผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดหนัง ต่อมาเมื่ออายุ ๑๑ ปี ท่านได้เริ่มศึกษาพระปริยัติธรรม และต่อมาได้ย้ายมาอยู่ที่วัดเลียบ

     อุปสมบท เมื่อปี พ.ศ. ๒๓๘๗ อายุครบ ๒๒ ปี ณ พัทธสีมาวัดราชโอรสาราม (วัดจอมทอง) อำเภอบางขุนเทียน จังหวัดธนบุรี (เขตจอมทอง กรุงเทพมหานครในปัจจุบัน) โดยมี พระสุธรรมเทพเถระ (เกิด) เป็นพระอุปัชฌาย์ พระธรรมเจดีย์ (จีน) เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระภาวนาโกศลเถระ (รอด) เป็นพระอนุสาวนาจารย์ พระอุปัชฌาย์ได้ขนานนามว่า “สุวณฺณสโร”

     หลังอุปสมบทท่านได้ย้ายมาจำพรรษาอยู่ที่วัดนางนอง และได้เข้าสอบแปลพระปริยัติธรรมแต่คงสอบไม่ได้อีกเช่นเคย ท่านจึงต้องนั่งคุกเข่าประนมมือ ที่ท่านได้แปลอยู่ต่อหน้าพระคณาจารย์ผู้ใหญ่ จนพระเถระสมาคมคนหนึ่งชวนท่านไปอยู่ในสำนักเดียวกัน แต่ท่านปฏิเสธ

     ต่อมาท่านก็ได้เจริญรอยตามหลวงปู่รอด วัดโคนอนมาตลอดเวลา และได้ศึกษาวิปัสสนากรรมธุระกับพระภาวนาโกศลเถระ (รอด) เจ้าอาวาสวัดนางนอง ซึ่งเป็นพระกรรมวาจาจารย์ของท่านเอง ซึ่งกำลังเลื่องชื่อมากในด้านวิทยาอาคมขลัง หลวงปู่เอี่ยมได้หันมาสนใจในด้านไสยเวท จนถึงขนาดได้เป็นศิษย์เอกที่พระอาจารย์รักมาก และในช่วงที่ท่านบวช ๑๖ พรรษา หลวงปู่รอด (พระอาจารย์ของท่าน) เสด็จพระราชทานผ้าพระกฐินวัดนางนอง เล่ากันว่า ท่านไม่ถวายอดิเรกนับเป็นความผิด ฐานหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ ถูกถอดสมณศักดิ์ และต้องย้ายไปอยู่ที่วัดโคนอน ท่านจึงติดตามพระอาจารย์ของท่านไปอยู่ที่วัดโคนอน และปรนนิบัติรับใช้ต่อจนกระทั่งมรณภาพ ต่อมาเมื่ออาจารย์ของท่าน (หลวงปู่รอด) ถึงแก่มรณภาพ ท่านจึงได้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดโคนอนสืบแทน

     เมื่อถึง พ.ศ. ๒๔๔๑ ในหลวงรัชกาลที่ ๕ ได้โปรดเกล้าให้ "หลวงปู่เอี่ยม" ไปครอง "วัดหนัง" เนื่องจากไม่มีเจ้าอาวาส และรุ่งขึ้นอีก ๑ ปี องค์สมเด็จพระปิยะมหาราชก็ได้พระราชทานสมณะศักดิ์ ให้แก่หลวงปู่เอี่ยมแห่งวัดหนัง เป็นพระราชาคณะที่ "พระภาวนาโกศลเถร" (เอี่ยม) ซึ่งเป็นตำแหน่งเดียวกับพระอาจารย์ของท่านนั่นเอง

     ในช่วงที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จประภาสยุโรป หลวงปู่เอี่ยมท่านก็ได้ทำนายไว้ว่าพระองค์ท่านจะบรรลุผลสำเร็จพระบรมราโชบายทุกประการ แต่จะต้องประสบกับสัตว์ที่ดุร้ายในยุโรป และท่านจะต้องทรงขี่มัน หลวงปู่ท่านได้มอบ พระคาถาเสกม้าให้หญ้ากิน และมอบยันต์มงกุฎพระพุทธเจ้าให้กับพระพุทธเจ้าหลวง และจะปกป้องคุ้มครองพระองค์ท่านให้ทรงปลอดภัย และสุดท้ายฝ่ายฝรั่งก็ยอมสิโรราบในที่สุด คำสอนของท่านคือ ทำดีได้ดี ทำชั่วได้ชั่ว เป็นกฎตายตัว