พ.ศ. ๒๓๒๕ ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้รับโปรดเกล้าฯ สถาปนาเป็นพระราชาคณะที่พระวินัยรักขิต ซึ่งเทียบเท่าพระอุบาลีแต่เดิม ที่ต้องเปลี่ยนเพราะเห็นว่าสมณศักดิ์นี้ไปพ้องกับพระอุบาลี ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๓๓๗ ก็ทรงได้รับพระกรุณาธิคุณเลื่อสมณศักดิ์ให้สูงขึ้นในระดับพระราชาคณะเจ้าคณะรองที่ พระพิมลธรรม พ.ศ. ๒๓๕๖ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เลื่อนสมณศักดิ์เป็นสมเด็จพระราชาคณะที่ สมเด็จพระพนรัตน

     ในปี พ.ศ. ๒๓๖๐ สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้ามงกุฎ (พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว) ผนวชเป็นสามเณร ณ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม สามเณรเจ้าฟ้ามงกุฎ เสด็จไปทรงจำพรรษาอยู่ที่วัดมหาธาตุเป็นเวลา ๑ พรรษา ตลอดเวลาที่ได้ประทับจำพรรษา สมเด็จพระสังฆราช (มี) ทรงทำหน้าที่พระอาจารย์ ถวายความรู้เกี่ยวกับพระธรรมวินัย พระไตรปิฎกตลอดจนทศพิธราชธรรม

     ในด้านการศึกษาพระปริยัติธรรม เป็นพระธุระในการพัฒนาการศึกษา ดูและแก้วิธีการสอน การสอบไล่พระปริยัติธรรมทุกครั้งอย่างใกล้ชิด ได้ทอดพระเนตรเห็นข้อบกพร่องที่ต้องแก้ไขปรับปรุงอยู่ตลอด โดยมิได้ถือพระองค์ว่าทรงเป็นสังฆราชา จนในที่สุดได้ทรงปรึกษาหารือกับพระราชาคณะที่ เป็นเปรียญเอกอีกนับสิบรูป จนเห็นชอบทั่วหน้าในการปรับปรุงแก้ไขวิธีการสอน การสอบไล่ปริยัติธรรมใหม่ ได้ทรงกำหนดหลักสูตรการเรียนการสอน และการสอบเทียบความรู้ใหม่ ให้มี ๙ ประโยค แทนหลักสูตรเก่าที่ใช้มาตั้งแต่สมัยอยุธยา ซึ่งมีการแบ่งหลักสูตรการศึกษาพระปริยัติธรรมเพียง ๓ ชั้น คือ บาเรียนตรี บาเรียนโท บาเรียนเอก