พระวินัยกิจโกศล ( ตรี ปธ.๗ ) อดีตเจ้าอาวาสวัดกัลยาณมิตร ได้บันทึกไว้ในปี พ.ศ. ๒๔๗๑ ในหนังสือ “บุญวิธี ” ว่า

     “ เมื่อยังเยาว์เป็นไข้หนักถึงแก่สลบไม่หายใจ พวกผู้ใหญ่เข้าใจว่าตายเสียแล้ว ระหว่างที่จัดแจงจะเอาไปฝังกันได้กลับฟื้นขึ้นมา จึงได้รับการรักษาพยาบาลต่อมาจนหายเป็นปกติ บิดามารดาได้ถือเอาเรื่องหายจากไข้ ครั้งนั้นเป็นนิมิตดี จึงให้ชื่อว่า “ บุญ ” ”

     หลัง จากนั้นท่านปลัดทองจึงได้สั่งสอนพื้นทางคัมภีร์มูลบทสรรพกิจสนธิมูลกัจจายน์ ภาษาไทย และขอมให้จนหลวงปู่บุญมีความเชี่ยวชาญชำนาญดี เพราะมีปัญญาไวเรียนสิ่งใดก็รู้แจ้งแท้ตลอดในเวลาอันรวดเร็ว

     จน อายุได้ ๑๕ ปี ก็สามารถท่องบทสวดมนต์ได้มากมาย ท่านปลัดทองจึงได้บรรพชา ให้เป็นสามเณร เพื่อศึกษาคันถธุระ และวิปัสสนาธุระ ซึ่งท่านปลัดทองก็พยายามฝึกฝนจนหลวงปู่บุญมีความคล่องแคล่ว จนอายุท่านได้ ๑๙ ปี ก็เกิดเจ็บป่วยหนัก รักษาเท่าใดก็ไม่หาย ท่านปลัดทองจึงได้ตรวจชะตาของท่านดูก็ทราบว่าเป็นอย่างไร จึงได้บอกหลวงปู่บุญ ซึ่งตอนนั้นยังเป็นเณรบุญว่า จะต้องลาสึกจากสามเณรเสียก่อน แล้วกลับไปรักษาตัวกับมารดา เมื่ออายุครบด้วย ๒๒ ปี โรคาจะหายจึงจะมาอุปสมบทต่อไปได้ เล่าว่าครั้งนั้นสามเณรบุญถึงกับน้ำตาไหล เพราะจิตใจฝากฝังไว้ในเพศบรรพชิตเป็นมั่งคงแล้ว มิอยากจะลาไป แต่ก็มั่นใจเรื่องในท่านอาจารย์ปลัดทองที่ได้พยากรณ์เอาไว้ว่าจะกลับมา

     ท่าน จึงได้ครองฆราวาสรักษาร่างกายจนกว่าจะหายเป็นปกติดี ก็อายุ ๒๒ ปี ตรงตามคำพยากรณ์ของท่านปลัดทอง นับว่าท่านปลัดทององค์นี้ มีปรีชาทางญาณหยั่งรู้สึกซึ้งมาก เสียดายที่มิอาจเขียนประวัติท่านได้ เรื่องราวของท่านผู้ที่รู้เสียชีวิตไปหมดแล้ว มีเรื่องเล่าว่าท่านปลัดทองนั้นมีอภินิหารมากเรื่องหนึ่ง ควรบันทึกไว้เพราะต่อไปจะสูญหาย คือวัดกลางบางแก้วนั้นอยู่ติดแม่น้ำนครชัยศรี ปีไหน น้ำมากก็ท่วมบริเวณวัดทั้งหมดแต่เมื่อครั้งท่านปลัดทองอยู่ น้ำไม่เคยท่วมวัดให้ได้รับความเสียหายเลย ท่านจะนำทรายมาเสกแล้วให้ลูกศิษย์เอาไปโรยไว้รอบ ๆ วัดเมื่อน้ำเหนือหลากมา ท่านจะเข้าไปนั่งในโบสถ์ ทำการสะกดน้ำ มิให้ไหลเข้ามาท่วมวัดได้ เรื่องนี้ผู้เฒ่าแห่งแม่น้ำนครชัยศรีเล่าให้ฟัง นับว่าบารมีและ กฤตยาคมของท่านปลัดทองนั้นสูงส่งจริง ๆ อีกเรื่องหนึ่งคือ ท่านสามารถระเบิดน้ำลงไปปักเสาศาลาท่าน้ำของวัดได้โดยจีวรไม่เปียก โดยยกเสาได้เพียงองค์เดียวคือทำของหนักให้เบาได้นั่นเอง วิชานี้ภายหลังหลวงพ่อจ้อยวัดบางช้างเหนือได้เสกมีดโยนลอยน้ำได้คงได้วิชา จากท่านปลัดทองเพราะวัดอยู่ไม่ห่างกันมาก และหลวงพ่อจ้อยเป็นพระรุ่นราวคราวเดียวกันกับหลวงปู่บุญ

     เมื่ออายุท่านได้ ๒๒ ปี หายจากโรคภัยไข้เจ็บ จึงได้เข้าอุปสมบท ณ พัทธสีมา วัดกลางบางแก้ว ซึ่งท่านเคยบรรพชาเป็นสามเณรมาก่อน และเล่าเรียนวิชามากับพระปลัดทอง เมื่อวันจันทร์ เดือน ๘ ขึ้น ๑๕ ค่ำ ปีมะเส็ง จุลศักราช ๑๒๓๑ เวลาบ่าย ตรงกับวันที่ ๒๑ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๑๒ โดยมีพระอันดับ ๓๐ รูป พระ ปลัดปาน เจ้าอาวาสวัดตุ๊กตา เป็นอุปัชฌาย์ พระปลัดทอง เจ้าอาวาสวัดกลางบางแก้ว พระอธิการทรัพย์ วัดงิ้วราย พระครูปริมานุรักษ์ วัดสุประดิษฐาราม และ พระอธิการจับ วัดท่ามอญ ร่วมกันแบ่งภาระหน้าที่ในการให้สรณาคมน์กับศีลและการสวดกรรมวาจา การที่มีพระอาจารย์ร่วมพิธีถึง ๔ องค์ก็ด้วยพระเถระเหล่านี้เป็นที่เคารพนับถือ ของโยม หลวงปู่บุญ จึงต้องนิมนต์ทั้งหมด เมื่ออุปสมบทแล้วได้ฉายาว่า “ ขนฺธโชติ ”

     หลังจากอุปสมบทท่านได้ศึกษาคันถธุระและ วิปัสสนาธุระและพุทธาคมกับ ท่านปลัดทอง และปลัดปาน ผู้เป็นอุปัชฌาย์ของท่าน ปลัดทองและปลัดปานนั้นท่านเป็นสหายกัน เล่ากันว่าเป็นพระที่มีเวทย์วิทยาคมเก่ากล้าทั้งคู่

     สำหลับพระปลัดปาน นั้น ท่านพระครูธรรมวิจารณ์ (ชุ่ม) เจ้าอาวาสวัดศรีสุดาราม (วัดชีปะขาว) บางกอกน้อยขณะเมื่อปี พ.ศ.๒๔๑๗ อายุ ๙๗ ปีได้เล่าให้ “ อาจารย์ตรียัมปราย ” ฟังว่า หลวงปู่บุญท่านนั้นได้เล่าเรียนและถ่ายทอดเวทย์วิทยาคมจากพระปลัดปานไว้ได้ ทั้งหมดและศิษย์ของพระปลัดปานอีกองค์หนึ่งคือ พระธรรมปิฎก ( น่วม ) วัดสระเกศกรุงเทพฯ พระปลัดปานวัดตุ๊กตาองค์นี้ ท่านได้สร้างลูกอมไว้ มีความศักดิ์สิทธิ์ทางเมตตามหานิยมมาก มีลักษณะเป็นเม็ดกลมเนื้อแน่นเป็นมันวาวสีชมพูอ่อน หากใครเคยพบหรือมีอยู่จงเก็บไว้ให้ดี เพราะยอดเยี่ยมทางเมตตามาก อภินิหารของท่านปลัดปานมีเรื่องเล่ากันมาว่าท่านมีเมตตาบารมีสูงมากขนาดมี นก กา เหยี่ยว มาอาศัยทำรังอยู่ที่ต้นมะขวิดภายในวัดเต็มไปหมด ถึงเวลาเช้าท่านฉันเสร็จแล้วจะนำอาหารไปให้นกกิน ท่านสามารถเรียกอีกาและเหยี่ยวซึ่งเป็นนกที่ไม่มีความเชื่องได้ง่าย ๆ มาเกาะบนมือแล้วลูบหัวเล่นได้ นอกจากนั้นยังเล่ามาว่า ท่านสำเร็จวิชาทางเรียกเนื้อเรียกปลาคือใช้พระคาถา มหาจินดามณีมนตราคม ได้เชี่ยวชาญเกิดผลศักดิ์สิทธิ์นั้นเอง เพราะท่านสามารถเรียกปลาในคลองบางแก้ว ซึ่งอยู่หน้าวัดให้ขึ้นมาเต็มไปหมดในงานกฐินเพื่อให้ชาวบ้านได้ชมกัน นับว่าท่านเป็นเถราจารย์ที่น่าศึกษามากอีกองค์หนึ่งเสียดายที่คนเก่า ๆ ที่พอจะรู้เรื่องดีได้สูญสิ้นไปหมดแล้ว

     ดังนั้นการศึกษาทางด้านวิปัสสนาธุระและ เวทย์วิทยาคมของหลวงปู่บุญนั้น ท่านจึงได้รับการถ่ายทอดจากท่านปลัดทอง และปลัดปานเป็นหลัก และนับว่าหลวงปู่เป็นผู้ที่มีพรสวรรค์ทางนี้โดยตรง เพราะเล่ากันว่าท่านสามารถทำของได้ศักดิ์สิทธิ์ และเชี่ยวชาญทางวิปัสสนาธุระตั้งแต่อายุยังน้อย เคยแสดงอภินิหารและความแก่กล้าทางวิปัสสนาให้ สมเด็จพระสังฆราช ( แพติสเทวเถระ ) ได้เห็นเมื่อครั้งที่ “ สมเด็จฯ ” ยังเป็น พระพรหมมุนี ซึ่งทรงยกย่องโปรดปรานหลวงปู่เป็นพิเศษในฐานะเพื่อนสนิท

     ส่วนเรื่องการธุดงควัตรนั้นจากการสืบเรื่อง ราวโดยละเอียดแล้ว ปรากฏว่าในชีวิตของหลวงปู่เคยออกธุดงควัตรหลายครั้ง ครั้งละนาน ๆ จนมีความชำนาญ เมื่อพระภายในวัดและละแวกวัดใกล้เคียงในสมัยนั้น จะออกธุดงค์ จะต้องไปขอขึ้นธุดงค์กับท่านและท่านสามารถคุ้มครองพระที่ออกธุดงค์ให้สามารถ เดินทางได้ด้วยความปลอดภัย และหยั่งรู้ทุกขณะด้วยญาณวิถีอันแก่กล้าของท่าน

     ครั้นต่อมาในปี พ.ศ. ๒๔๑๘ พระปลัดทอง อาจารย์ของหลวงปู่บุญก็มรณภาพ ทางอุบาสกอุบาสิกาก็นิมนต์พระอาจารย์แจ้งเป็นเจ้าอาวาสจนถึงปี พ.ศ. ๒๔๒๘ พระอาจารย์แจ้งซึ่งชาวบ้านเรียกว่า “ หลวงพ่อแก่ ” ก็มรณภาพลงเพราะท่านชราภาพมากแล้ว

     ทางอุบาสกอุบาสิกาและกรรมการวัดตลอดจนชาว บ้านที่เห็นการปฏิบัติของหลวงปู่เป็นที่น่าเลื่อมใสจึงได้ร่วมใจกันนิมนต์ ให้ท่าน เป็นเจ้าอาวาสสืบแทน ดังนั้น ทางคณะสงฆ์ซึ่งเห็นชอบด้วย จึงได้แต่งตั้งหลวงปู่บุญให้เป็นเจ้าอาวาส เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๒๙ ขณะนั้นท่านมีอายุพรรษาได้ ๑๖ จึงได้ปกครองดูแลสืบต่อจากพระอาจารย์แจ้งเป็นต้นมา

     หลวงปู่บุญเป็นพระที่หนักในทางวิปัสสนา กรรมฐาน ดังนั้นเมื่อได้ปกครองดูแลพระเณรในวัดจึงได้อบรมทั้งทางคันธธุระ และวิปัสสนาธุระให้แก่บรรดาลูกศิษย์ทั่วไปซึ่งก็ปรากฏว่ามีฆราวาสจำนวนมาก ให้ความสนใจเข้ามาเรียนวิปัสสนากับท่านจำนวนไม่น้อย จนภายหลังหลวงปู่ได้จัดสถานที่สำหรับฝึกสอนวิปัสสนาขึ้นโดยเฉพาะเป็นศาลาทรง แปดเหลี่ยมขนาดใหญ่อยู่หน้าวัดแถบด้านเหนือใกล้แม่น้ำ ซึ่งในสมัยนั้นนับว่ามีทำเลมีเหมาะสม เพราะใกล้แม่น้ำลมพัดเย็นสบาย ศาลาดังกล่าวนี้ได้มีสืบมาจนถึงทุกวนนี้

     ภารกิจที่หลวงปู่เคร่งครัดปฏิบัติมิได้ขาด จวบจนชราภาพ คือ การลงกระทำอุโบสถทุกวันเช้าและเย็นและหลังจากเสร็จจากบทสวดมนต์แล้วท่านจะทำ การหยิบยกข้อธรรมขึ้นมาแจกแจงอธิบายในพระอุโบสถ เพื่อให้พระภิกษุและสามเณรมีความเข้าใจที่ถูกต้อง เว้นแต่ในช่วงที่ท่านต้องไปธุรกิจที่อื่นเท่านั้น ท่านก็จะมอบให้พระอื่นทำหน้าที่แทนก่อน กิจวัตรข้อนี้สิบต่อมาจนกระทั่งหลวงปู่เพิ่มก็ได้ปฏิบัติตาม จนภายหลังหลวงปู่เพิ่มชราภาพมากท่านจึงได้แต่สวดมนต์อยู่แต่เฉพาะในกุฏิของ ท่าน

     ด้วยความสามารถ ซึ่งเอกอุดมด้วยกฤตยาคม และอำนาจญาณอันแก่กล้าของหลวงปู่ท่านสามารถคลี่คลายอธิกรณ์ ซึ่งเกิดขึ้นในคณะสงฆ์ปกครองได้อย่างเป็นระเบียบเรียบร้อยไม่มีพระภิกษุ สามเณรองค์ใดกล้ากล่าวเท็จกับท่าน เมื่อท่านเรียกเข้ามาสอบสวนทวนความ การให้การจะเป็นจริงทุกสิ่งอัน นอกจากนั้น ตบะเดชะของท่ายังเร้นไว้ด้วยอำนาจอันเข้ม คนรุ่นเก่ายุคนั้นเล่าลือกันสืบมาจนทุกวันนี้ว่า ไม่มีใครเลยที่กล้าสบตากับท่านได้ ทั้งนี้โดยแท้แล้วท่านไม่ใช่เป็นคนดุ แต่ท่านมีเมตตาธรรมใจคอเอื้อเฟื้อกว้างขวาง เพียงแต่อำนาจและตบะของท่านโดยแท้ที่แก่กล้า

     ด้วยคุณงามความดี และปรีชาสามารถของหลวงปู่ จึงได้รับพระราชทานพระครูโปรดเกล้าให้เลื่อนสมณศักดิ์ขึ้นเป็นพระครูชั้น สัญญาบัตรที่ “ พระครูพุทธวิถีนายก ” และเลื่อนฐานะตำแหน่งการปกครองคณะสงฆ์ให้เป็น “ ประธานกรรมการคณะสงฆ์จังหวัดนครปฐม สมุทรสาคร และสุพรรณบุรี ” เมื่อวันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๖๒ ขณะนั้นท่านมีอายุพรรษาได้ ๔๙ พรรษา ในโอกาสนี้เองที่บรรดาศิษย์ได้จัดงานฉลองกันเป็นการใหญ่ ปรากฏว่า สมเด็จพระสังฆราช ( แพ ) ครั้งที่เป็น พระพรหมมุนี ได้มาร่วมงานโดยมี พระครูวินัยกิจโกศล ( ตรี ปธ. ๗ ) เจ้าอาวาสกัลยาณมิตรในครั้งนั้นมาเป็นแม่งาน มีพระภิกษุจากอารามต่าง ๆ ในจังหวัดนครปฐม สมุทรสาครและสุพรรณบุรีมาร่วมงานฉลองศักดิ์หลวงปู่เป็นจำนวนมามาย เล่ากันว่าต้องจัดหาที่พักให้หลายวัดบริเวณใกล้เคียงแน่นเต็มไปหมด แสดงให้ เห็นถึงความศรัทธาเลื่อมใสที่ประชาชนและพระภิกษุสามเณร ในจังหวัดนครปฐม สมุทรสาคร และสุพรรณบุรีที่มีต่อท่านอย่างท่วมท้น

     สานุศิษย์ของหลวงปู่บุญนั้นมีมากมาย ที่ได้ผ่านการอบรมสั่งสอนออกไปบางองค์ก็ครองเพศบรรพชิตอยู่มีชื่อเสียง กิตติคุณโด่งดัง บางคนก็ลาสิกขาออกไปประกอบอาชีพเจริญรุ่งเรืองอยู่จนบัดนี้ก็จำนวนไม่น้อย แต่ก็เป็นการยากที่จะมาลำดับกล่าวไว้ในที่นี้