บรรพชาเป็นสามเณร เมื่อวันที่ ๖ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๗๖ ณ วัดเทพศิรินทราวาส โดยมี สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (เจริญ ญาณวโร) เป็นพระอุปัชฌาย์

     อุปสมบทเป็นพระภิกษุ เมื่อวันที่ ๕ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๘๐ ณ พัทธสีมาวัดเทพศิรินทราวาส โดยมี สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (เจริญ ญาณวโร) เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอุดมศีลคุณ (อินทร อคฺคิทตฺโต) เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระครูวินัยธรเพ็ชร ปภงฺกโร เป็นพระอนุสาวนาจารย์ มีหม่อมเจ้าหญิงกรณิกา จิตรพงศ์ ทรงเป็นเจ้าภาพบวช ได้ฉายาว่า "สนฺตงฺกุโร" ซึ่งแปลว่า หน่อหรือเชื้อสายหรือทายาทของผู้สงบ (ฉายานี้ได้มาตั้งแต่เป็นสามเณรพรรษาแรก) และได้อยู่จำพรรษาที่วัดเทพศิรินทราวาสตลอดมา มิได้ไปจำพรรษาที่อื่นเลย

     สมเด็จพระญาณวโรดมได้เริ่มศึกษาเมื่ออายุราว ๖ ขวบโดยมีบิดาเป็นผู้สอน ต่อมาได้เข้าศึกษาที่โรงเรียนประชาบาลประจำอำเภอประจันตคาม เมื่อ พ.ศ. ๒๔๖๘ จบชั้นประถมศึกษาปีที่ ๕ เมื่อ พ.ศ. ๒๔๗๒ ครั้งนั้นชั้น ป.๕ เป็นชั้นสูงสุดของการศึกษาในอำเภอนั้น เมื่อบรรพชาอุปสมบทแล้วได้ศึกษาด้านปริยัติศึกษาแผนกธรรม ได้นักธรรมชั้นเอก และแผนกบาลี ได้ ป.ธ.๙ สำหรับภาษาสันสกฤตนั้น เจ้าประคุณสมเด็จฯ ได้เคยศึกษากับนาคะประทีบ ร่วมกับเพื่อนร่วมรุ่นกันคืออาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพ และสมเด็จพระวันรัต (นิรันตร์ นิรนฺตโร) จนแตกฉานในวรรณคดี