วัยเด็ก พ.ศ. ๒๔๖๒ เข้าศึกษาชั้น ป.๑ เมื่ออายุย่างเข้า ๘ ขวบ ที่โรงเรียนประจำอำเภอเมือง จังหวัดพัทลุง โรงเรียนนี้มีครูใหญ่ชื่อเลี่ยง เวชรังษี และมีครูดำ ม่องกี้, ครูเปลื้อง กาญจโนภาส, ครูฉัตร โสภณ เป็นครูสอน เรียนจบชั้น ป.๓ ซึ่งเป็นชั้นสูงสุดในการศึกษาสมัยนั้นแล้วย้ายไปศึกษาต่อชั้นมัธยมที่โรงเรียนประจำจังหวัดพัทลุง ซึ่งนักเรียนเป็นชายล้วน (สมัยนั้นไม่นิยมให้ผู้หญิงเรียนหนังสือ) เมื่อวันที่ ๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๖๓ หลังโรงเรียนเปิดภาคเรียน ตั้งแต่วันที่ ๑๗ พฤษภาคม มีครูโชติ เหมรักษ์ ต่อมาเป็นขุนวิจารณ์จรรยา เป็นครูใหญ่

     เนื่องจากโรงเรียนอยู่ไกลบ้าน จึงอาศัยวัดยางซึ่งอยู่ใกล้โรงเรียนเป็นที่พักจนจบ ม.๓ ขณะเรียน ม.๔ ต่อได้ครึ่งปี บิดาป่วยจึงต้องลาออกมาช่วยเหลือครอบครัว

     พ.ศ. ๒๔๗๐ ขณะอายุ ๑๖ ปี ได้ติดตาม “หลวงลุง” พระอาจารย์พุ่ม ธมฺมทินฺโน วัดคูหาสวรรค์ ตำบลคูหาสวรรค์ อำเภอเมืองพัทลุง จังหวัดพัทลุง ไปยังรัฐปีนัง ประเทศมาเลเซีย แล้วต่อมากลับมาทำงานเหมืองแร่และสวนยาง ที่ จังหวัดภูเก็ต ได้ค่าจ้างวันละ ๙๐ สตางค์ 

     พ.ศ. ๒๔๗๒ อายุ ๑๘ ปี ได้เข้าพิธีบรรพชาเป็นสามเณร เมื่อวันที่ ๕ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๗๒ ณ วัดอุปนันทาราม ตำบลเขานิเวศน์ อำเภอเมืองระนอง จังหวัดระนอง โดยมี พระรนังควินัยมุนีวงศ์ ครั้งดำรงสมณศักดิ์ที่ พระครูพิพัฒน์สมาจารย์ เป็นพระอุปัชฌาย์

     ต่อมา ท่านได้เป็นครูใหญ่ในโรงเรียนประชาบาล เงินเดือนๆ ละ ๒๕ บาท และเรียนนักธรรมไปพร้อมกันโดยสอบนักธรรมตรีได้ที่ ๑ ทั้งมณฑลภูเก็ต จนพระยาอมรศักดิ์ประสิทธิ์ (ทนง บุนนาค) เจ้าเมืองภูเก็ตขณะนั้น ถวายรางวัลผ้าไตร ๑ ไตร นาฬิกา ๑ เรือน หัวข้อกระทู้ธรรมในการสอบครั้งนั้นคือ “น สิยา โลกวฑฺฒโน - ไม่พึงเป็นคนรกโลก”

     พ.ศ. ๒๔๗๔ อายุ ๒๐ ปีบริบูรณ์ ได้เข้าพิธีอุปสมบทเป็นพระภิกษุ เมื่อวันที่ ๒๘ กรกฎาคม พ.ศ.๒๔๗๔ ณ พัทธสีมาวัดนางลาด ตำบลเขาเจียก อำเภอเมืองพัทลุง จังหวัดพัทลุง โดยมี พระครูจรูญกรณีย์ เป็นพระอุปัชฌาย์, พระมหาพลัด วัดคูหาสวรรค์ จังหวัดพัทลุง เป็นพระกรรมวาจาจารย์ และพระครูเคว็จ วัดคูหาสวรรค์ จังหวัดพัทลุง เป็นพระอนุสาวนาจารย์ ได้รับนามฉายาว่า “ปทุมุตฺตโร” ซึ่งแปลว่า “ดอกบัวประเสริฐ หรือผู้ประเสริฐดุจดอกบัว”

     พ.ศ. ๒๔๗๕ เทศน์ครั้งแรกที่วัดปากนคร อำเภอเมืองนครศรีธรรมราช จังหวัดนครศรีธรรมราช ในวันพระวันหนึ่ง บังเอิญเจ้าอาวาสไม่อยู่ ชาวบ้านมาทำบุญและอยากฟังเทศน์ตามปกติ จึงนิมนต์พระปั่น ปทุมุตฺตโร (หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ) ขึ้นธรรมาสน์ เพราะเห็นว่ามีความรู้ขั้นนักธรรมเอก แล้วท่านก็สร้างความอัศจรรย์แก่ชาวบ้านบนศาลาวัด เมื่อแสดงธรรมเทศนาได้อย่างคล่องแคล่วโดยไม่อาศัยหนังสือใบลานเลยแม้แต่น้อย นับเป็นการเริ่มต้นชีวิตพระนักเทศน์ขึ้นครั้งแรก ณ วัดแห่งนี้

     ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๗๖ “พระโลกนาถ” พระภิกษุชาวอิตาเลียนผู้โด่งดัง มีแนวคิดจะเดินธุดงค์จากเมืองไทยผ่านประเทศพม่า อินเดีย และประเทศต่างๆ แถบยุโรปจนถึงประเทศอิตาลีบ้านเกิดเพื่อเผยแผ่พระพุทธศาสนา ประกาศชักชวนพระสงฆ์สามเณรไทยเข้าร่วมเดินธุดงค์ พระปั่นมีความสนใจจึงชักชวนพระสงฆ์สามเณรอีก ๘ รูป (พระบุญชวน เขมาภิรัต หรือท่าน บ.ช.เขมาภิรัต ร่วมเดินธุดงค์ไปด้วย สามเณรมีรูปเดียวคือ สามเณรกรุณา กุศลาสัย) จากจังหวัดนครศรีธรรมราชและพัทลุงไปสมทบ ท่านพุทธทาสภิกขุก็ถูกพระโลกนาถชักชวนด้วย แต่ท่านปฏิเสธ มาบอกความในใจภายหลังว่า “ไม่เลื่อมใส เพราะพระฝรั่งรูปนี้ตั้งชื่อเหมือนพระพุทธเจ้า (นามโลกนาถ เป็นพระนามของพระพุทธเจ้า)” เรียกคณะธรรมทูตชุดนี้ว่า “พระภิกษุใจสิงห์”

     ในบรรดาคณะธรรมทูต “พระภิกษุใจสิงห์” มี พระบุญชวน เขมาภิรัต หรือท่าน บ.ช.เขมาภิรัต เพียงรูปเดียวเท่านั้นที่สามารถสื่อสารกับ “พระโลกนาถ” ได้ เพราะท่านสามารถพูดเขียนภาษาอังกฤษและภาษาฝรั่งเศสได้ ซึ่งพระปั่น ปทุมุตฺตโร ได้เอ่ยถามวันหนึ่งว่าไปเรียนภาษาเหล่านี้มาจากไหน ท่านตอบสั้นๆ ว่า “เรียนเอง”

     ขณะคณะพระสงฆ์สามเณร ๙ รูป เดินไปขึ้นรถไฟที่สถานีรถไฟนครศรีธรรมราช มีญาติโยมติดตามไปส่งมากมายนับพันคน และที่นี่ก็ได้กลายเป็นประวัติศาสตร์ฮือฮาอีกหน้าหนึ่ง เมื่อพระปั่นแสดงปาฐกถาธรรมด้วยการยืนเทศน์บนม้านั่ง หน้าไมโครโฟน หลังสถานีรถไฟ กลายเป็นพระสงฆ์รูปแรกที่ยืนเทศน์ของวงการสงฆ์เมืองไทย ซึ่งต่อมาเกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์ในวงกว้างจากวงการสงฆ์ว่า ไม่เหมาะสม ไม่สำรวม บ้างก็ว่าไม่ได้เทศน์ตามคำสอนของพระสัมมาสัมพุทธเจ้า เพราะไม่ได้อ่านจากใบลาน แต่เรื่องนี้ก็ได้รับการยอมรับในเวลาต่อๆ มา

     แต่การเดินทางจาริกแสวงบุญครั้งนี้ก็ไม่ราบรื่นอย่างที่คิดไว้ เมื่อเดินทางถึงประเทศพม่าแล้ว สุดท้ายพระปั่นจึงตัดสินใจเดินทางกลับเมืองไทย (คงมีแต่สามเณรกรุณา กุศลาสัย ติดสอยห้อยตามพระโลกนารถไปผจญภัยในภารตประเทศ) โดยท่านล่องใต้ไปจำพรรษาอยู่ที่วัดอุทัย อำเภอเมืองสงขลา จังหวัดสงขลา และสร้างตำนานการบรรยายธรรมนอกใบลาน ทันยุคสมัย จนเกิดการบอกเล่ากันปากต่อปาก ทำให้มีกิจนิมนต์ไปบรรยายธรรมอยู่มิได้ว่างเว้น

     พ.ศ. ๒๔๘๔-๒๔๘๖ ศึกษาภาษาบาลี ณ วัดสามพระยา แขวงวัดสามพระยา เขตพระนคร กรุงเทพฯ จนสอบได้เปรียญธรรม ๔ ประโยค แล้วเกิดสงครามมหาเอเชียบูรพา (สงครามโลกครั้งที่ ๒) จึงไม่ได้เรียนต่อ แล้วหันมาสนใจเทศน์สอนธรรมแก่ประชาชนในเวลาต่อมา