ท่านพุทธทาสภิกขุ มีนามเดิมว่า เงื่อม พานิช เกิดเมื่อวันอาทิตย์ที่ ๒๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๔๙ ขึ้น ๗ ค่ำ เดือน ๗ ปีมะเมียในสกุลของพ่อค้าที่ตลาดพุมเรียง อำเภอไชยา จังหวัดสุราษฎร์ธานี ช่วงปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งขณะนั้นพุมเรียงยังเป็นที่ตั้งของตัวเมืองไชยา หรือจังหวัดไชยา ก่อนที่จะกลายมาเป็นจังหวัดสุราษฎร์ธานีในปัจจุบัน

     บิดาของท่านพุทธทาสภิกขุชื่อ เซี้ยง พานิช ประกอบอาชีพหลักคือการค้าขายของชำ บิดาของท่านพุทธทาสภิกขุเป็นคนไทยเชื้อสายจีน เนื่องจากปู่ของท่านพุทธทาสภิกขุอพยพจากมณฑลฝูเจี้ยน ประเทศจีน มาเป็นช่างเขียนภาพสีบนกระจกที่เมืองไชยา ย่าของท่านพุทธทาสภิกขุชื่อส้มจีน ซึ่งเชื้อสายของย่าอพยพจากอำเภอปากพนัง จังหวัดนครศรีธรรมราช มาอยู่เมืองไชยาตั้งแต่สมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ แต่เดิมบิดาของท่านพุทธทาสภิกขุใช้แซ่โข่วหรือข่อ (หรือโค้ว ในภาษาแต้จิ๋ว) ต่อมาเมื่อมีพระราชบัญญัตินามสกุลในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทางราชการจึงเปลี่ยนนามสกุลของบิดาท่านเป็น พานิช เพราะตอนนั้นมีเพียงครอบครัวของท่านเท่านั้นที่ทำการค้าขาย

     งานอดิเรกที่รักยิ่งของบิดาท่านพุทธทาสภิกขุคืองานด้านช่างไม้ โดยในเวลาว่าง บิดาของท่านพุทธทาสภิกขุจะทำการต่อเรือไม้เป็นอาชีพเสริม ซึ่งทำให้ท่านพุทธทาสภิกขุสนใจ และชอบในงานด้านนี้ไปด้วย แม้ที่สวนโมกขพลาราม งานไม้ส่วนใหญ่ก็เกิดจากการทำกันเองของคณะสงฆ์ นอกจากนี้ บิดาของท่านพุทธทาสภิกขุยังมีความสามารถในทางกวี ซึ่งความสามารถด้านนี้ส่งอิทธิพลต่อท่านพุทธทาสภิกขุเป็นอย่างมาก โดยผลงานธรรมะของท่านพุทธทาสภิกขุส่วนหนึ่งได้ประพันธ์ไว้ในรูปร้อยกรอง ซึ่งมีความไพเราะ และดึงดูดใจให้คนทั้งหลายเข้าถึงเนื้อหาธรรมะได้ง่ายขึ้น

     มารดาของท่านพุทธทาสภิกขุชื่อ เคลื่อน พานิช เกิดที่อำเภอท่าฉาง ตาของท่านพุทธทาสภิกขุชื่อเล่ง มียศเป็นขุนสิทธิสาร ปกครองหัวเมืองกระแดะ หรืออำเภอกาญจนดิษฐ์ในปัจจุบัน ครอบครัวของตายายมีความมั่นคงในพระพุทธศาสนา และมีการปฏิบัติสมาธิภาวนากันภายในบ้านเรือน ทำให้มารดาของท่านพุทธทาสภิกขุใกล้ชิดกับพระพุทธศาสนามาตั้งแต่เด็ก ซึ่งความศรัทธาในพระพุทธศาสนานี้ได้ส่งต่อมาที่บุตร และหล่อหลอมให้เด็กชายเงื่อม พานิช กลายเป็นท่านพุทธทาสภิกขุในเวลาต่อมา

     ท่านพุทธทาสภิกขุมีน้องสองคน ซึ่งมีอายุห่างจากท่านพุทธทาสภิกขุ ๓ ปี และ ๖ ปี ตามลำดับ น้องคนโตเป็นชาย ชื่อ ยี่เกย พานิช ซึ่งภายหลังได้เปลี่ยนชื่อเป็น ธรรมทาส พานิช และได้เป็นกำลังหลักของคณะธรรมทานในการเผยแพร่พระพุทธศาสนา และสนองงานของท่านพุทธทาสภิกขุ ส่วนน้องสาวคนสุดท้องของท่านพุทธทาสภิกขุชื่อ กิมซ้อย พานิช ซึ่งภายหลังแต่งงานไปอยู่บ้านดอน[๒] และใช้นามสกุลสามีว่า เหมะกุล

     อุปสมบท เมื่อวันที่ ๒๙ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๖๙ ณ อุโบสถวัดอุบล หรือวัดนอก โดยมี พระครูโสภณเจตสิการาม (คง วิมาโล) รองเจ้าคณะเมืองในสมัยนั้น เป็นพระอุปัชฌาย์ และมีพระปลัดทุ่ม อินทโชโต เจ้าอาวาสวัดอุบล และ พระครูศักดิ์ ธมฺรกฺขิตฺโต เจ้าอาวาสวัดวินัย หรือวัดหัวคู เป็นพระคู่สวด ท่านพุทธทาสภิกขุได้รับฉายาว่า อินทปญฺโญ ซึ่งแปลว่าผู้มีปัญญาอันยิ่งใหญ่