อุปสมบท เมื่อวันอังคารที่ ๑๒ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๔๗ ตรงกับวันแรม ๑๕ ค่ำ เดือน ๘ ปีมะโรง ณ นทีสีมาหน้าวัดท่าโพธิ์ โดยมี พระครูเหมเจติยานุรักษ์ (เนียม ธมฺมปาโล) วัดพระนคร ซึ่งเป็นเจ้าคณะจังหวัดนครศรีธรรมราชในขณะนั้น เป็นพระอุปัชฌาย์ และพระศิริธรรมมุนี (ม่วง รตนทฺธโช) เจ้าคณะมณฑลนครศรีธรรมราชขณะนั้น เป็นพระกรรมวาจาจารย์ ได้ฉายาว่า คณฺฐาภรโณ

     หลังจากอุปสมบทได้ศึกษาที่วัดท่าโพธิ์ ถึงปี พ.ศ. ๒๔๕๔ พระรัตนธัชมุนี (ม่วง รตนทฺธโช) ได้ส่งไปศึกษากับสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ที่วัดบวรนิเวศวิหาร และสอบได้นักธรรมชั้นตรีในปีนั้น หลังจากนั้นได้ติดตามพระอริยกระวี (เซ่ง อุตฺตโม) ในฐานะพระปลัดฐานานุกรมของท่านไปอยู่วัดราชาธิวาสราชวรวิหาร ศึกษาต่อที่สำนักนั้นจนสอบได้เปรียญธรรม ๓ ประโยคในปี พ.ศ. ๒๔๕๖ และได้เปรียญธรรม ๔ ประโยคในปี พ.ศ. ๒๔๕๘ แล้วหยุดสอบเพียงแค่นั้น เพื่อไม่ให้สูงกว่าอาจารย์คือพระรัตนธัชมุนี (ม่วง) ซึ่งได้เปรียญธรรม ๔ ประโยคเช่นกัน