ครูบาอินทจักรได้ขออนุญาตมารดาบิดาบวชเป็นเณร บิดาจึงพาท่านมาฝากเป็นศิษย์พระอธิการแก้ว ขตฺติโย เจ้าอาวาสวัดป่าเหียง อำเภอป่าซาง จังหวัดลำพูน

     และได้บรรพชาเป็นสามเณรในเดือนมีนาคม พ.ศ. ๒๔๔๕ เมื่อบวชแล้วก็ได้ศึกษาพระธรรมทั้งฝ่ายปริยัติและปฏิบัติกับพระอุปัชฌาย์ จนสอบได้นักธรรมชั้นตรี และเรียนสายสามัญจนจบชั้นประถมศึกษาปีที่ ๓

     อุปสมบท เมื่อวันที่ ๑๓ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๕๗ ณ วัดป่าเหียง โดยมี พระอุปัชฌาย์รูปเดิม พระฮอม โพธาโก เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระสม สุรินฺโท เป็นพระอนุสาวนาจารย์ ได้ฉายาทางธรรมว่า อินฺทจกฺโก

     หลังบวชท่านยังคงช่วยสอนพระธรรมในวัด จนกระทั่งเห็นว่าควรปฏิบัติธรรมเพื่อมุ่งความหลุดพ้น จึงกราบลาพระอุปัชฌาย์ออกธุดงค์โดยมีครูบาพรหมา น้องชาย ติดตามไปด้วย

     ครูบาอินทจักรได้จาริกไปทั่วจังหวัดเชียงใหม่และจังหวัดแม่ฮ่องสอน เข้าประเทศพม่า แล้วกลับเข้าประเทศไทยทางจังหวัดเชียงราย แล้ววกกลับมาจังหวัดเชียงใหม่ ตลอดการธุดงค์ท่านได้รับความลำบากต่าง ๆ ทั้งจากสภาพอากาศ สภาพภูมิประเทศ และอาหารอัตคัด แต่ท่านก็อดทนจนผ่านมาได้ ท่านธุดงค์อยู่นานถึง ๑๖ ปี จึงอยู่จำพรรษาที่วัดน้ำบ่อหลวง ตามคำอาราธนาของขุนอนุพลนคร

     ท่านเข้าอยู่วัดน้ำบ่อหลวงตั้งแต่วันที่ ๒ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๗๗ นับแต่นั้นท่านได้พัฒนาวัดหลายประการ ทั้งก่อสร้างเสนาสนะ ถนน และแหล่งน้ำใช้เพื่อความสะดวกของแก่ผู้มาวัด

     เมื่อวัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ราชวรมหาวิหารเปิดสอนวิปัสสนากรรมฐานแบบสติปัฏฐาน ๔ (ยุบหนอ-พองหนอ) ท่านได้ลงไปศึกษาด้วย โดยมีพระธรรมธีรราชมหามุนี (โชดก ญาณสิทฺธิ) เป็นผู้สอน เมื่อกลับมาวัดน้ำบ่อหลวง ท่านก็ได้นำวิธีการเจริญวิปัสสนานั้นมาเผยแผ่แก่ประชาชน วัดน้ำบ่อหลวงจึงเป็นสำนักวิปัสสนากรรมฐานมานับแต่นั้น